Execution Flags

These are the flags for the execution process of EnTAP. Flags will be repeated throughout these categories where relevant.

• Required Flags
  • --runP / --runN [CMD]
  • -i / --input [string] [CMD]
  • -d / --database [multi-string] [CMD]
  • --ini [string] [CMD]
• Basic Usage Flags
  • --runP / --runN [CMD]
  • -i / --input [string] [CMD]
  • -d / --database [multi-string] [CMD]
  • --out-dir [string] [CMD]
  • -t / --threads [integer] [CMD]
  • --ini [string] [CMD]
  • --version [CMD]
  • -a / --align [string] [CMD]
• General EnTAP Flags
  • --runP / --runN [CMD]
  • -i / --input [string] [CMD]
  • -d / --database [multi-string] [CMD]
  • --ini [string] [CMD]
  • --out-dir [string] [CMD]
  • -t / --threads [integer] [CMD]
  • --out-dir [string] [CMD]
  • --overwrite [CMD]
  • --graph [CMD]
  • -t / --threads [integer]
  • --no-trim [CMD]
  • --state [string] [CMD]
  • --version [CMD]
  • --no-check [CMD]
  • --output-format [multi-integer] [INI]
• Expression Analysis Flags
  • -a / --align [string] [CMD]
  • --fpkm [decimal] [INI]
  • --single-end [INI]
• Frame Selection Flags
  • General Flags
    • --frame-selection [integer] [INI]
    • --complete [INI]
  • TransDecoder Specific Flags
    • --transdecoder-m
• Similarity Search Flags
  • -d / --database [CMD]
  • --data-type [INI]
  • -c / --contam [multi-string] [INI]
  • --taxon [string] [INI]
  • --level [multi-integer] [INI]
  • -e [scientific] [INI]
  • --tcoverage [decimal] [INI]
  • --qcoverage [decimal] [INI]
  • --uninformative [string] [INI]
• Ontology Flags
  • General Flags
  • --level [multi-integer] [INI]
    • --ontology [multi-integer] [INI]
  • InterProScan Specific Flags
    • --protein [multi-string] [INI]